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去除臭味。在鸡粪中添加微生物菌剂，可以有效祛除恶臭气体。这主要是由于微生物可以将不含氮、硫的有机物质如苯酚、羧酸、甲醛等被分解为CO2和H20；将含氮的有机物氨化为NH3，NH3可被亚细菌氧化为NO2-，再进一步被细菌氧化为N03-；含硫的恶臭物质经微生物分解释放出H2S，被硫氧化细菌氧化成为等，使污染物得以去除。
酶活性变化。鸡粪堆积发酵过程中的一切生物化学过程都是在酶的参与下进行的，酶活性大小反映了有机物料堆制中各种生物化学过程的强度。接种微生物菌剂的鸡粪堆肥，由于菌剂中含有较多产纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶和过氧化氢酶等酶的微生物。因此，其各种酶活性显著高于自然堆制。
